2.1. El tipo fundamental de dichos centros superiores es la Facultad Eclesiástica. Sólo las Facultades Eclesiásticas tienen el derecho de conferir grados académicos con la autoridad de la Santa Sede. Todos los demás tipos de centros superiores de estudios eclesiásticos (Centros Incorporados, Centros Agregados, Centros Afiliados, Institutos Superiores de Ciencias Religiosas) dependen siempre de una Facultad Eclesiástica.

2.2. Las tres Facultades Eclesiásticas básicas son la Facultad de Sagrada Teología, la Facultad Eclesiástica de Filosofía y la Facultad de Derecho Canónico. Además existen otras -muchas menos- Facultades de estudios especializados que abarcan Ciencias Sociales, Ciencias Humanas y Ciencias histórico-artísticas y literarias.

3.1. Las Facultades Eclesiásticas pueden ser autónomas o estar agrupadas constituyendo una Universidad Eclesiástica. Se requiere que existan al menos cuatro Facultades Eclesiásticas, las tres básicas citadas anterioremente y una cuarta. Si son varias Facultades sin llegar a cuatro, entonces no se denomina Universidad Eclesiástica sino Ateneo Pontificio.

3.2. Una Universidad Eclesiástica no es una Universidad Católica, son diferentes. Las Universidades Católicas se rigen por la Constitución Apostólica "Ex Corde Ecclesiae" del 15 de agosto de 1990. Son centros universitarios, creados por diferentes instituciones eclesiales, que se guían por el ideario católico pero que, en cuanto a la ordenación de los estudios, se rigen por la legislación universitaria civil propia del país donde están. Si una Universidad Católica tiene alguna Facultad Eclesiástica, esta última siempre se gobierna según la Veritatis Gaudium y demás normas establecidas por la Congregación para la Educación Católica. En algún país -Alemania por ejemplo- existen Facultades de Teología Católica dentro de Universidades civiles, en estos casos hay acuerdos especiales firmados por la Santa Sede y el Estado que establecen las competencias de cada una de las partes, Iglesia y Estado, respecto a dichos centros.

4.1. Los estudios eclesiásticos que se imparten en las Facultades se ordenan en tres ciclos, al final de cada uno de ellos se obtiene el correspondiente grado académico. El primer ciclo se denomina Bachillerato -Baccalaureatus-, comprende una duración mínima de tres años y al final de él se obtiene el título de Baccalaureatus. El segundo ciclo se denomina Licenciatura -Licentia-, comprende una duración mínima dos años y termina con la obtención del título de Licentiatus; este ciclo tiene un carácter de especialización. El tercer ciclo se denomina Doctorado -Doctoratus-, finaliza con la obtención del título de Doctor.

4.2. En el caso particular de la Teología se exige, para cursar el primer ciclo y obtener el título de Bachillerato, haber realizado antes dos años de Filosofía. Al conjunto de los cinco años de Filosofía más Teología a veces se lo denomina Ciclo institucional de estudios eclesiásticos. Las dos opciones que habitualmente contemplan los centros son: o bien cursar un bienio filosófico introductorio, previo al trienio teológico, o bien cursar cinco años de estudios en un plan que contempla integradas, a lo largo de los primeros cursos, las asignaturas filosóficas y teológicas. Este requisito de una preparación filosófica previa dimana del carácter propio de la Teología. En cuanto a la Licenciatura, esta lo es siempre en una especialidad: Teología Dogmática, Sagrada Escritura, Teología Fundamental, Teología Moral, Patrología, Historia de la Iglesia, Liturgia, etc.

5.1. Las Facultades Eclesiásticas confieren los títulos académicos y tienen los tres ciclos de estudios. Los Centros Incorporados a una Facultad sólo pueden impartir el segundo y tercer ciclo de estudios. Los Centros Agregados a una Facultad sólo imparten el primer y segundo ciclo de estudios. Los Centros Afiliados a una Facultad sólo imparten el primer ciclo. Existen también algunos centros dentro de la Iglesia que tienen una legislación particular. En todas los tipos de centros el título siempre es otorgado por la Facultad cumplidos los requisitos previstos en cada caso.

6.1. Los títulos de cualquier Facultad Eclesiástica, esté donde esté, tienen la misma validez dentro de la Iglesia en todo el mundo.

6.2. En muchos países los títulos eclesiásticos están reconocidos como títulos universitarios dentro de la propia legislación civil en virtud de acuerdos firmados entre la Santa Sede y dicho país. En el caso particular de España los títulos eclesiásticos están reconocidos civilmente por el Real Decreto 1619/2011, de 14 de noviembre, por el que se establece el régimen de equivalencias de los estudios y titulaciones de Ciencias Eclesiásticas de nivel universitario respecto de los títulos universitarios españoles (BOE nº 276 del 16 de noviembre de 2011, nº 17890) , modificado en el Real Decreto 477/2013, de 21 de junio (BOE nº 167 del 13 de julio de 2013, nº 7709) y por Orden ECD/699/2015, de 15 de abril, (BOE nº 96 del 22 de abril de 2015, nº 4325).

7.1. En cuanto al desarrollo de los estudios en cuanto tales, sus líneas fundamentales vienen establecidas por la legislación de la Iglesia, ahora bien, su plasmación concreta -asignaturas, créditos de cada una, horas de clase, etc.- varía en cada centro de estudios.

7.2. La Santa Sede se adhirió al Proceso de Bolonia el 19 de septiembre de 2003 en Berlín y creó la AVEPRO, Agencia de la Santa Sede para la Valoración y la Promoción de la Calidad de las Universidades y Facultades Eclesiásticas -fundada por S. S. Benedicto XVI el 19 de septiembre de 2007- con el fin de adaptar los estudios eclesiásticos al Proceso de Bolonia en el marco del Espacio Europeo de Educación Superior. Los centros superiores de estudios eclesiásticos europeos se encuentran, por tanto, en un proceso de adaptación a los criterios fijados por "Bolonia" para los estudios universitarios.